1. Pourquoi les bactéries aérobies prospèrent dans les serres

Les serres offrent des conditions presque idéales pour les bactéries aérobies car :

• La circulation de l'air et la ventilation fournissent un oxygène constant

• L'humidité élevée et la chaleur stimulent la croissance microbienne

• Les systèmes d'irrigation créent des biofilms

• La matière organique provenant du sol, des engrais et des exsudats racinaires enrichit l'environnement

En conséquence, des bactéries à la fois bénéfiques et potentiellement nuisibles coexistent dans le sol, les solutions hydroponiques, les surfaces et les lignes d'irrigation.

2. Bactéries aérobies bénéfiques dans les environnements de serre

2.1. Espèces de Pseudomonas (souches bénéfiques)

De nombreuses espèces de Pseudomonas colonisent la rhizosphère (zone racinaire) et favorisent la croissance des plantes.
Fonctions :

• Améliorer l'absorption des nutriments

• Produire des antibiotiques qui suppriment les pathogènes

• Améliorer le développement racinaire

• Réduire la pression des maladies chez les cultures de tomates, concombres et ornementales

Espèces bénéfiques communes :

• Pseudomonas fluorescens

• Pseudomonas putida

• Pseudomonas chlororaphis

2.2. Espèces de Bacillus (sporulateurs aérobies)

Ces bactéries sont extrêmement communes dans les sols et substrats de serre.
Avantages :

• Produire des enzymes qui décomposent la matière organique

• Améliorer la disponibilité des nutriments

• Former des spores qui survivent à de longues périodes de sécheresse

• Supprimer les pathogènes fongiques tels que Fusarium, Rhizoctonia et Pythium

Espèces importantes :

• Bacillus subtilis

• Bacillus amyloliquefaciens

• Bacillus licheniformis

Les biofongicides à base de Bacillus sont largement utilisés dans la production en serre.

2.3. Nitrosomonas et Nitrobacter (bactéries nitrifiantes)

Les nitrificateurs aérobies jouent un rôle clé dans les serres, notamment dans les systèmes hydroponiques et aquaponiques.

Nitrosomonas : Convertit l'ammoniac → nitrite
Nitrobacter : Convertit le nitrite → nitrate

Ces conversions maintiennent des solutions nutritives stables et empêchent l'accumulation toxique d'ammoniac.
Ils sont strictement aérobies et prospèrent dans l'eau oxygénée et les substrats poreux.

2.4. Cyanobactéries (algues bleu-vert)

Bien que techniquement pas de vraies bactéries au sens classique, les cyanobactéries sont des procaryotes photosynthétiques producteurs d'oxygène.

Communes dans :

• Les films nutritifs

• Les canaux d'irrigation

• Les surfaces de laine de roche et de coco exposées à la lumière

Des espèces telles que Anabaena et Oscillatoria apparaissent souvent comme des biofilms verts ou bleu-vert.
À des niveaux modérés, elles sont inoffensives, mais une croissance excessive peut obstruer les lignes d'irrigation.

3. Bactéries aérobies neutres ou opportunistes

Ces bactéries ne nuisent normalement pas aux plantes mais peuvent devenir problématiques en cas de mauvaise hygiène.

3.1. Sphingomonas

Forme souvent des biofilms jaunâtres dans les réservoirs d'eau, les buses de pulvérisation et les tuyaux en plastique.
Peut provoquer des solutions nutritives troubles.
Rarement nuisible, mais persistant.

3.2. Flavobacterium

Associé à l'accumulation organique dans les systèmes d'eau.
Généralement inoffensif pour les plantes, mais indique une mauvaise hygiène de l'eau.

3.3. Acinetobacter

Commun dans les substrats humides, les bancs et les réservoirs d'eau.
Forme des biofilms résistants et concurrence avec les microbes bénéfiques.

4. Bactéries phytopathogènes aérobies trouvées dans les serres

Certaines bactéries aérobies peuvent causer des maladies végétales graves si elles s'établissent.

4.1. Pseudomonas syringae

Un pathogène majeur de serre affectant :

• Tomate

• Poivron

• Espèces ornementales

Provoque :

• Des taches foliaires

• Des brûlures

• Des infections systémiques

Nécessite des surfaces foliaires riches en oxygène et se propage par éclaboussures d'eau.

4.2. Espèces de Xanthomonas

Bactéries strictement aérobies responsables de :

• Taches foliaires

• Pourriture noire (chez les crucifères)

• Brûlure bactérienne dans les plantes ornementales et les poivrons

Se développent dans les climats de serre chauds et humides.

4.3. Agrobacterium tumefaciens

Bactérie du sol aérobie provoquant la galle du collet.
Se propage par les outils, pots et mélanges de sol contaminés.

4.4. Ralstonia solanacearum (tolérante à l'oxygène)

Bien qu'elle soit parfois étiquetée "facultative", elle se comporte comme un pathogène aérobie dans les serres.
Provoque le flétrissement bactérien chez les tomates, les poivrons et les plantes ornementales.
Extrêmement destructrice.

5. Bactéries aérobies dans l'eau d'irrigation et les biofilms

Les serres utilisent des systèmes d'irrigation complexes, et les bactéries aérobies colonisent souvent :

• Les goutteurs

• Les systèmes de brumisation

• Les réservoirs de stockage

• Les canaux de technique de film nutritif (NFT)

• Les réservoirs hydroponiques

Espèces typiques :

• Pseudomonas spp.

• Sphingomonas

• Flavobacterium

• Legionella (dans les sections stagnantes chaudes ; important pour la sécurité humaine)

• Mycobacterium spp. (croissance lente, persistant)

Ces organismes forment des biofilms qui protègent les pathogènes et réduisent le débit d'eau.

6. Gestion des bactéries aérobies dans les serres

Pour les espèces bénéfiques :

✔ Encourager avec des thés de compost, des inoculants microbiens
✔ Maintenir des sols et solutions hydroponiques riches en oxygène
✔ Utiliser de la matière organique et des engrais biologiques

Pour supprimer une croissance nuisible ou excessive :

• Améliorer l'hygiène des surfaces et des outils

• Garder les lignes d'irrigation propres

• Assurer une bonne circulation de l'air

• Éviter une humidité excessive

• Traiter l'eau avec UV, ozone, filtres ou nanobulles

• Éviter l'eau stagnante où se forment les biofilms

L'équilibre biologique, plutôt que la stérilisation, est l'objectif.

Conclusion

Les bactéries aérobies sont un élément essentiel de l'écologie des serres. Les espèces bénéfiques favorisent la croissance des plantes et le cycle des nutriments, tandis que d'autres peuvent former des biofilms indésirables ou causer des maladies. En comprenant les types de bactéries aérobies présentes – Pseudomonas, Bacillus, Sphingomonas, Nitrosomonas, Xanthomonas et plus encore – les cultivateurs peuvent mieux gérer les communautés microbiennes pour des plantes plus saines et plus productives.